Insufficient data in worksheet surfer ошибка

(Недопустимое выражение…)

Выражение в правой части уравнения
записано неверно. Вероятнее всего,
ошибка находится где-то возле текущей
позиции. Проверьте, правильно ли записаны
имена функций (function names) и имена
переменных (т.е. одна или две буквы меток
столбцов).

Incompartible clipboard !

(Недопустимый формат буфера обмена
!)

Содержимое буфера обмена имеет формат,
несовместимый с данными Рабочего листа.
Рабочий лист принимает данные из буфера
обмена в форматах SYLKилиTEXT.

Incorrect variable interval…

(Неверный интервал переменных…)

Некоторые функции принимают в качестве
аргумента так называемый ‘’интервал
переменных’‘. Например, SUM(B..AC).
ФункцияSUMбудет вычислять для каждой
строки сумму данных их столбцов отBдоAC, т.е. столбцовB, C, D,…, Z, AA, ABиAC.

Две переменные (т.е. метки столбцов)
должны быть последовательными и должны
разделяться в точности двумя точками.
Значения переменных не должны превосходить
значения максимального столбца Рабочего
листа.

Insufficient memory…

(Недостаточно памяти…)

Не хватает памяти для выполнения
операции. В некоторых случаях операция
может быть выполнена частично. Например,
при чтении файла часть файла может быть
записана в Рабочий лист. Проверьте,
выполнена ли операция частично, и
повторите операцию.

Закройте все неиспользуемые в настоящий
момент документы и приложения (например,
Help) и попытайтесь выполнить операцию
над остальными строками.

Insufficient memory: Undo disable ! Continue with operation ?

(Недостаточно памяти: невозможно
сохранить текущее состояние ! Продолжить
операцию ?)

Недостаточно памяти для сохранения
текущего состояния Рабочего листа. Если
операция будет продолжена, то невозможно
будет выполнить операцию обращения (с
помощью Edit Undo). Если Вы отмените
операцию, то будет восстановлено
предыдущее состояние Рабочего листа.

Чаще всего операции слишком велики для
обращения (Undone). Однако, в некоторых
случаях можно попытаться закрыть все
неиспользуемые в настоящий момент
документы и приложения (например,Help)
и выполнить операцию снова.

Можно также попробовать выполнить
операцию над частью Рабочего листа.
Например, преобразование над 10000 строк
можно разбить на два преобразования:
одно над стрками с 1 до 5000, другое над
строками с 5001 до 10000.

Internal error ! File… Line…

(Внутренняя ошибка ! Файл… Строка…)

Обнаружена серьезная ошибка. Такие
ошибки свидетельствуют об ошибках в
программном обеспечении, и о них следует
сообщать в Technical Support. Пожалуйста, когда
будете сообщать об этой ошибке, не
забудьте дать информацию о FileиLine.

Internal error ! …

(Внутренняя ошибка ! …)

Обнаружена серьезная ошибка. Такие
ошибки свидетельствуют об ошибках в
программном обеспечении, и о них следует
сообщать в Technical Support. Пожалуйста, когда
будете сообщать об этой ошибке, не
забудьте дать информацию о тексте
сообщения.

Invalid column variable !

(Неверная переменная !)

Ожидалась переменная-столбец, но
выражение справа от текущей позиции
записано неверно. Переменная — это одна
или две буквы метки столбца. Возможно
значение переменной слишком велико для
Рабочего листа, а может быть имя функции
записано с ошибкой. (См. function names.)

Invalid column variable or function name !

(Неверная переменная или имя функции
!)

Ожидалась имя переменной или имя функции.
Проверьте, правильно ли записано имя
переменной или имя функции.

Invalid destination !

(Неверное имя столбца результатов
!)

Левая часть уравнения преобразования
записана неверно. В левой части уравнения
должна стоять метка столбца результатов.
Например, результаты вычисления C = A
+ BиAC = SUM(A..AB)будут помещены в
столбцыCиAC, соответственно.

Invalid number…

(Неверное число…)

Проверьте, правильно ли записано число.
Числа можно записывать либо в фиксированном,
либо в экспоненциальном формате.

Вот несколько примеров:

2567

25.67

.002567

25.67E12

25.67E-12

Не разрешается включать в запись числа
какие-то форматирующие символы, такие
как знак доллара «$», знак процента
или запятые (для отделения тысяч). Вот
примеры неправильной записи чисел:

$25,375.5

27.5%

Invalid SYLK format…

(Неверный формат SYLK…)

Указанный файл не содержит правильного
SYLKзаголовка. Данный файл либо
испорчен, либо не является файломSYLK[.SLK].

См. также

SYLK File Format

Invalid WK1 file…

(Неверный файл WK1…)

Указанный файл не содержит правильного
WK1илиWKSзаголовка. Данный файл
либо испорчен, либо не является файлом.WK1или .WKS.

См. также

Lotus WK1 or WKS File Format

Invalid XLS file…

(Неверный файл XLS…)

Указанный файл не содержит правильного
XLSзаголовка. Данный файл либо
испорчен, либо не является файлом .XLS.

См. также

Excel XLS File Format

Mark only one block !

(Выделяйте только один блок !)

В панели диалога преобразования можно
задать диапазон строк только для одного
блока. Операция преобразования может
выполняться только над одним выделенным
блоком.

Заметим, что операцию преобразования
можно выполнять и тогда, когда нет
выделенных блоков, но в этом случае Вы
должны ввести в панели диалога
преобразования значения начальной и
конечной строк диапазона.

MATH ERROR: function(argument) error-type !

MATH ERROR: function(arg1,arg2) error-type !

(Ошибка при вычислении функции !)

Ошибка произошла при вычислении функции.

Аргумент не принадлежит области
определени функции:

Аргумент принимает недопустимое
значение:

Потеря значимости:

Ошибки ‘UNDERFLOW’ и ‘OVERFLOW’:

См. также

Mathematical Functions

Missing equation !

(Отсутствует уравнение !)

Отсутствует правая часть уравнения
преобразования.

См. также

Equations

Missing function argument…

(Пропущен аргумент функции…)

У заданной функции отсутствует аргумент.

См. также

Mathematical Functions

No worksheet data in WK1 file…

(Файл WK1 не содержит данных Рабочего
листа…)

Запись DIMENSIONS файла WK1 или WKS указывает,
что данный файл не содержит данных
Рабочего листа.

Nothing to do !

(Невозможно выполнить операцию !)

Заданная операция должна выполняться
за пределами текущего Рабочего листа.

Nothing to sort !

(Невозможно выполнить сортировку
!)

Рабочий лист либо пуст, либо содержит
только одну строку.

Nothing to Undo !

(Невозможно выполний обращение
операции !)

Предыдущая операция необратима или
недостаточно памяти для выполнения
операции обращения.

Number is too large !

(Слишком большое число !)

Введенное число слишком велико для
Рабочего листа. В ячейки Рабочего листа
можно записывать только числа одинарной
точности (32 bit IEEE floating point). Наибольшее
допустимое число приблизительно равно
3.4E+38.

Если Ваши числа превосходят это значение,
попробуйте промасштабировать их, прежде
чем вводить в Рабочий лист.

Number of digits must be from 0 to 9 !

(Число цифр должно быть от 0 до 9 !

Number of digits must be from 1 to 9 !

Число цифр должно быть от 1 до 9 !)

Для фиксированного и экспоненциального
форматов (а также для формата Currency)
количество цифр в числе справа от
десятичной точки должно быть от 0 до 9.

Для чисел, представленных в формате
General (Общий), общее количество цифр
должно быть от 1 до 9.

Заметим, что в числах одинарной точности
(32 bit IEEE floating point), используемых в Рабочем
листе, содержится примерно 6-7 значащих
цифр. Отображение дополнительных цифр
(свыше семи) либо до, либо после десятичной
точки, не увеличивает точность
представления числа. Например, если Вы
введете число 123456789.123456, то восемь
последних цифр этого числа не имеютсмысла.
В этом случае число цифр после десятичной
точки (при использовании фиксированного
формата) лучше положить равным нулю.

Original file was from another application.

5

ответов

Добрый день!
Уже несколько недель борюсь с Surfer, отличная программа, но в плане координат мы друг друга не понимаем совершенно, решил обратиться на форум за поддержкой разбирающихся.

Ситуация:
В SasPlanet наносим точки, после чего вытаскиваем их через KML или GPX с последующим преобразованием в CSV-файл, который понимает Surfer. В CSV координаты в формате XX.XXXXXX YY.YYYYYY и не отходя от кассы, добавляем новый столбец со значениями высоты. Загружаем всё это дело через Grid Data в Surfer. Выставляем XYZ — он всё понимает и принимает. Строится карта.

Проблема:
Результат получается сжатым по вертикали (может растянут по горизонтали)! Суть в том, что это не то же самое, что выгружалось с SasPlanet (скрины прикладываю (в наложении совмещал по «скв 15»)), а надо чтобы прям наложение было идеальное.
Казалось бы, в таком случае надо менять систему координат. И вот тут и появляется загвоздка — систем координат полно и я чего-то не понимаю. Начитался в интернетах, что SAS имеет систему координат — Popular Visualisation CRS / Mercator (EPSG 3785). Ставил — ничего не поменялось. В ArcMAP была подобная ситуация, но там всё решалось выставлением системы координат СК-42 c указанием зоны. Тогда расстояния между точками совпадало с SAS и никакого искажения не было, можно было выгружать и накладывать — всё совпадало абсолютно до мм.
Обратил внимание на то, что в Surfer систему координат можно применить как к группе «Map», так и для слоя группы с точками, причем разную систему можно поставить — скорее всего я здесь что-то не понимаю и здесь кроется ошибка. Я перепробовал много систем координат WGS 84, СК-42, разные EPSG и много комбинаций «система координат MAP — система координат слой».

На форумы редко хожу, обычно методом «тыка» решение появляется, но тут прям плакать хочется.

Заранее отвечу на некоторые вопросы:
1. «Ошибка в импорте KML и преобразовании в CSV» — я проверял, он импортирует правильные координаты.
2. «Не подбивал масштаб при наложении» — подбивал.

For anyone else who is seeing this issue even after doing minimum cell filtering, I have also encountered this error for data I had created manually via CreateSeuratObject on long-format count data from Rhapsody/SevenBridges that I had wide-pivotted into a table, then converted into a matrix.

Digging into the R code, I created the following functions that included more console output:

AddModuleScore <-
function (object, features, pool = NULL, nbin = 24, ctrl = 100,
    k = FALSE, assay = NULL, name = "Cluster", seed = 1, search = FALSE,
    ...)
{
    if (!is.null(x = seed)) {
        set.seed(seed = seed)
    }
... [code omitted] ...
    pool <- pool %||% rownames(x = object)
    data.avg <- Matrix::rowMeans(x = assay.data[pool, ])
    data.avg <- data.avg[order(data.avg)]
    cat("Data range:", range(data.avg, na.omit=TRUE), "\n");
    cat("Cutting data of length", length(data.avg), "into", nbin, "bins\n");
    data.cut <- cut_number(x = data.avg + rnorm(n = length(data.avg))/1e+30,
        n = nbin, labels = FALSE, right = FALSE)
    names(x = data.cut) <- names(x = data.avg)
    ctrl.use <- vector(mode = "list", length = cluster.length)
    cat("Processing clusters\n");
    for (i in 1:cluster.length) {
        features.use <- features[[i]]
        for (j in 1:length(x = features.use)) {
            ctrl.use[[i]] <- c(ctrl.use[[i]], names(x = sample(x = data.cut[which(x = data.cut ==
                data.cut[features.use[j]])], size = ctrl, replace = FALSE)))
        }
    }
    ctrl.use <- lapply(X = ctrl.use, FUN = unique)
    ctrl.scores <- matrix(data = numeric(length = 1L), nrow = length(x = ctrl.use),
        ncol = ncol(x = object))
    for (i in 1:length(ctrl.use)) {
        features.use <- ctrl.use[[i]]
        ctrl.scores[i, ] <- Matrix::colMeans(x = assay.data[features.use,
            ])
    }
    features.scores <- matrix(data = numeric(length = 1L), nrow = cluster.length,
        ncol = ncol(x = object))
    for (i in 1:cluster.length) {
        features.use <- features[[i]]
        data.use <- assay.data[features.use, , drop = FALSE]
        features.scores[i, ] <- Matrix::colMeans(x = data.use)
    }
    features.scores.use <- features.scores - ctrl.scores
    rownames(x = features.scores.use) <- paste0(name, 1:cluster.length)
    features.scores.use <- as.data.frame(x = t(x = features.scores.use))
    rownames(x = features.scores.use) <- colnames(x = object)
    object[[colnames(x = features.scores.use)]] <- features.scores.use
    CheckGC()
    DefaultAssay(object = object) <- assay.old
    return(object)
}


CellCycleScoring <-
    function (object, s.features, g2m.features, ctrl = NULL, set.ident = FALSE, ...) {
        name <- "Cell.Cycle"
        features <- list(S.Score = s.features, G2M.Score = g2m.features)
        cat("Collecting ctrl\n");
        if (is.null(x = ctrl)) {
            ctrl <- min(vapply(X = features, FUN = length, FUN.VALUE = numeric(length = 1)))
        }
        cat("Adding module score\n");
        object.cc <- AddModuleScore(object = object, features = features,
                                    name = name, ctrl = ctrl, ...)
        cat("Finding matching columns\n");
        cc.columns <- grep(pattern = name, x = colnames(x = object.cc[[]]),
                           value = TRUE)
        cc.scores <- object.cc[[cc.columns]]
        rm(object.cc)
        CheckGC()
        cat("Setting assignments\n");
        assignments <- apply(X = cc.scores, MARGIN = 1, FUN = function(scores,
                                                                       first = "S", second = "G2M", null = "G1") {
            if (all(scores < 0)) {
                return(null)
            }
            else {
                if (length(which(x = scores == max(scores))) > 1) {
                    return("Undecided")
                }
                else {
                    return(c(first, second)[which(x = scores == max(scores))])
                }
            }
        })
        cat("Merging scores\n");
        cc.scores <- merge(x = cc.scores, y = data.frame(assignments),
                           by = 0)
        colnames(x = cc.scores) <- c("rownames", "S.Score", "G2M.Score",
                                     "Phase")
        rownames(x = cc.scores) <- cc.scores$rownames
        cc.scores <- cc.scores[, c("S.Score", "G2M.Score", "Phase")]
        object[[colnames(x = cc.scores)]] <- cc.scores
        cat("Setting idents\n");
        if (set.ident) {
            object[["old.ident"]] <- Idents(object = object)
            Idents(object = object) <- "Phase"
        }
        return(object)
    };

Which produced the following output:

> pbmc.filtered <- CellCycleScoring(pbmc.filtered, s.features = s.genes, g2m.features = g2m.genes);                                                                                        
 Collecting ctrl
 Adding module score
 Data range: NA NA
 Cutting data of length 24446 into 24 bins
 Error in `cut_number()` at /tmp/SevenBridges_analysis.r!urUVjb:77:4:
 ! Insufficient data values to produce 24 bins.
 Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
 Warning messages:
 1: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf
 2: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

So… I then noticed that Matrix::rowMeans wasn’t omitting NA values when calculating means, and I considered adding that in, but then I realised that there was a more fundamental issue: my data included NA values.

It would have been great if Seurat had reported this earlier, rather than it becoming an obscure ! Insufficient data values to produce 24 bins. error in some less-used code. It seems like there are a few Seurat functions that don’t expect (and can’t handle) NA values.

I had sort-of noticed this earlier when merging three datasets, producing NA values for all data in the nCount_RNA and nFeature_RNA metadata slots, but I thought it was something relating to the merge, rather than the data itself (and manually calculated these and added them back into the structure).

To make this less of a time-consuming and confusing error in the future, I recommend Seurat do one of the following (in decreasing order of effort):

• Change all the functions to be able to handle NA values in the data
• Convert NA values to 0 when creating a Seurat object, and report something like NA values seen in input data; converting to 0
• Detect NA values in the dataset provided to CreateSeuratObject, and stop with an error like Error: data contains NA values

FWIW, my own fix for this issue was to add a values_fill=0 parameter to my pivot_wider function. Presumably there’s a Seurat function somewhere that allows me to directly load data from long-format input, but I wasn’t able to easily find it in the Function reference.

3.1. Режимы пакета Surfer

Пакет Surfer
работает в двух режимах: Plot
Document
и Worksheet.
Режим Worksheet
позволяет вводить, редактировать и
делать различные арифметические
преобразования над исходными данными,
а режим Plot
Document
– получать сеточные цифровые модели
геологических полей, визуализировать
их и выполнять различные преобразования
цифровых моделей. После запуска программы
Surfer
по команде File/New
в окне New
предоставляется возможность выбора
одного из двух режимов. В процессе
работы Surfer
можно открыть несколько окон в обоих
режимах, что позволяет быстро переходить
из Worksheet
в Plot
Document
и наоборот.

Исходные данные
для построения цифровой геологической
модели должны быть записаны в виде
столбцов, причем наименьшее допустимое
число столбцов равно трём, это столбцы
координат X
и Y
и столбец замеров Z.
На практике файл с исходными данными
содержит, как правило, не менее четырех
столбцов. Четвёртый столбец содержит
наименования скважин. Отметим, что
Surfer
может работать с файлами, в которых
число столбцов может быть значительно
больше четырех. Первая строка каждого
столбца должна содержать текстовую
информацию, которая в сокращённом виде
отображает содержимое столбца.

По умолчанию
столбец А Surfer
интерпретирует как координату X,
столбец В – как координату Y
и столбец С – как геологический
интерполируемый параметр Z.

В случае нарушения
такого содержания столбцов А, В и С при
построении цифровой модели пользователю
надо обязательно указать в каких столбцах
записаны X,
Y
и Z.

3.2. Объекты пакета Surfer

Surfer
представляет ряд способов хранения,
отображения и представления данных.
Компоненты, которые используются для
хранения и предоставления данных, далее
называются объектами. В пакете Surfer
существуют следующие объекты: таблицы
с исходными данными (*.dat,
*.xls),
цифровые модели (*.grd),
карты в изолиниях (*.srf)
и контуры (*.bln).
Рассмотрим их по порядку:

1. *.dat
   – таблица с данными, создается в режиме
   Worksheet,
   рабочее поле Worksheet
   аналогично рабочему полю в Excel;

2. *.xls
   – база данных, тип файла книга Microsoft
   Excel
   5.0/95. В таблицах *.dat
   и *.xls
   столбцы должны иметь заголовки в первой
   строке;

3. *.grd
   – цифровая сеточная модель. Допускаются
   следующие типы файлов: GS
   ASCII.grd,
   GS
   Binary.grd,
   Surfer7.grd.
   Возможна запись

файлов *.grd,
как файлов *.dat
(ASCII
XYZ.dat).
Это позволяет участки сеточной модели
использовать при необходимости как
исходные данные;

1. *.srf
   – карта в изолиниях;

2. *.bln
   – (base
   line)
   контуры, это могут быть, например, линии
   разломов, замещения, внутренний и
   внешний контуры нефтеносности, границы
   лицензионных участков, категорий
   запасов и т. д.

Файлы типа *.bln
состоят всегда из двух столбцов. Числа
каждой строки, начиная со второй,
интерпретируются Surfer-ом
как координаты Х и Y. Два числа первой
строки имеют следующее содержание:
целое число из ячейки А1 равно числу
точек или числу строк в файле *.bln
минус один, целое число ячейки В1 является
управляющем символом, оно принимает
только два значения: 0 или 1. Это число
используется при выполнении команды
Grid/Blank
(см. раздел 3.3).

Довольно большой
набор объектов связан с возможностью
послойного нанесения информации в окне
Plot
Document.
Каждому слою информации соответствует
свой файл данных. Почти вся выносимая
в окно Plot
Document
информация должна содержать координаты
и линейные размеры объектов. Карта
выносится в окно в виде изолиний или
контуров (Contour),
скважины в виде точек (Post).
Кроме того, при оформлении карты можно
выносить символы и текстовую информацию.
Это позволяет оформлять двумерные
геологические модели в соответствии
со стандартными требованиями.

Ввод данных.
Окно Worksheet
аналогично рабочему листу в Excel.
И ввод данных в пакете Surfer
принципиально не отличается от ввода
данных в Excel.

Команда Data/Sort
позволяет отсортировать данные
выделенного блока. Сортировку можно
вести одновременно по двум или трём
параметрам. Сортировка по каждому из
параметров может вестись по убыванию
(Descending)
или по возрастанию (Ascending).

Команда Data/Transform
позволяет делать различные преобразования
данных. Для этого в окне Transform
equation
необходимо набрать арифметическое
выражение. В левой части выражения
стоит метка столбца, в который должен
быть записан результат вычислений, в
правой — само арифметическое выражение.
В арифметическом выражении кроме
наименований столбцов и знаков
арифметических операций могут быть
имена функций. Их можно вставить с
помощью кнопки Function>>.
Далее в двух нижних окнах следует
указать границы части столбца, над
содержимым которого делается
преобразование: First
row
(Первая строка) и Last
row
(Последняя строка).

Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]

• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #